In dieser Dissertation wurden in einem integrativen Verfahren transkiptionelle, phänotypische und metabolomische Daten von F2-Bullen (N = 24) und F2-Kühen (N = 24) einer Charolais-Holstein-Kreuzung analysiert, um lange nichtkodierende RNAs (lncRNA) auf ihre putative Funktion und den eventuellen Einfluss auf die Nährstoffverteilung zu untersuchen. Anhand von Plasmametaboliten (N = 640), Fettansatz und residualer Futteraufnahme (Bullen) bzw. energiekorrigierter Milchleistung (Kühe) wurden die Rinder in zwei divergente Stoffwechselgruppen eingeteilt. Projekteigene Transkriptannotationen wurden anhand von RNA-Sequenzdaten aus vier Geweben (Leber, Jejunum, Skelettmuskel, Pansen) und dem bovinen Referenzgenom (UCD3.1 bzw. ARS-UCD.1.2) kreiert. Diese Annotationen beinhalteten 7.646 bzw. 6.161 als lncRNAs klassifizierte Transkripte. Unter Nutzung von Korrelations-, Netzwerk- und Pathway-Enrichment-Analysen wurden für lncRNAs das genregulatorische Potenzial sowie die mögliche biologische Funktion ermittelt. Die Ergebnisse unterstrichen die Einbindung von lncRNAs in verschiedenste Stoffwechselprozesse, wie z.B. den Zitrat- und Harnstoffzyklus, die Glukoneogenese, die Fettsäure-¿-Oxidation, den PPAR-Signalweg, den Aminosäure- und Fettstoffwechsel und die Proteinbiosynthese. Die Koexpression mit kolokalisierten, proteinkodierenden Genen suggerierte eine gemeinsame Regulation oder eine transkriptionelle Stabilisierungsfunktion der lncRNAs. Ergebnisse dieser Dissertation trugen zur erweiterten Annotation des Rindergenoms bei.
Von: Wietje Nolte1,2
; Rosemarie Weikard1
; Christa Kühn1,2
; 1 Forschungsinstitut für Nutztierbiologie (FBN), 18196 Dummerstorf, E-Mail: wietje.nolte@smekul.sachsen.de, kuehn@fbn-dummerstorf.de
; 2 Universität Rostock, Agrar- und Umweltwissenschaftliche Fakultät, 18059 Rostock