Selektionskandidaten zeigen ein unterschiedliches Ausmaß von Variation hinsichtlich der additiv-genetischen Werte ihrer Gameten. Diese Varianz lässt sich in vielen Zuchtprogrammen aus vorhandenen Markerinformationen für alle genotypisierten Tiere berechnen. Hierzu werden spezielle Matrizen eingesetzt, welche die Rekombinationsraten zwischen Markern wiederspiegeln. In der Züchtung verspricht man sich durch Beachtung dieser Varianzen verbesserte Möglichkeiten besonders hervorragende Zuchttiere zu erhalten, sowie einen erhöhten Zuchtfortschritt. Mit Hilfe der gleichen Matrizen lassen sich außerdem Ähnlichkeiten von potentiellen Eltern ableiten. Daraus ergeben sich in der Anpaarungsplanung neue Möglichkeiten zum Erhalt einer möglichst großen Vielfalt von Haplotypen in jeder Elterngeneration.
