Seit Dezember 2010 wird in monatlichen Abständen eine genomische Zuchtwertschätzung beim Fleckvieh für insgesamt 45 Merkmale durchgeführt. Eine Besonderheit der jetzigen Implementierung ist die arbeitsteilige Durchführung durch die Rechenstellen in Bayern, Österreich und Baden-Württemberg, die der bereits bestehenden Arbeitsteilung im Rahmen der konventionellen Zuchtwertschätzung beim Fleckvieh folgt. Ausgehend von einer zentral durchgeführten Genotypenaufbereitung bearbeiten die Projektpartner die ihnen zugeteilten Merkmalsblöcke. In allen Merkmalen wird mit einem zweistufigen Verfahren mit der Methode GBLUP – basierend auf einer genomischen Verwandtschaftsmatrix – gearbeitet. Ergebnisse aktueller Validierungen zeigen für die genomischen Zuchtwerte beim Fleckvieh substanzielle Zuwächse an Sicherheit gegenüber den Pedigreezuchtwerten in einem Bereich von 15–18%. Die Zuwächse erreichen nicht die für die Holstein-Population bei vergleichbarer Größe der Kalibrierung veröffentlichten Werte, was mit einer höheren effektiven Populationsgröße in Verbindung gebracht wird.
