Ein geeignetes Verfahren für die effiziente Umsetzung einer markerunterstützten Zuchtwertschätzung in großen Rinderpopulation stellt der Zweistufenansatz dar. Hierbei kann jedoch ein deutlicher Informationsverlust entstehen, da nur noch ein kleiner Teil der Population in der markergestützten Zuchtwertschätzung berücksichtigt wird. Es ist daher notwendig, möglichst viele Informationen über die gesamte Population in das reduzierte Modell zu übertragen und den im Zweistufenansatz immanenten Informationsverlust zu minimieren, um den größtmöglichen Nutzen für die Selektion sicherzustellen. Untersuchungen zum Einfluss des Umfangs der Pedigrees für MA-BLUP und des Ausmaßes fehlender Genotypisierungen haben gezeigt, dass möglichst umfangreiche und vollständig genotypisierte Pedigrees angestrebt werden sollten. Allerdings gewährleisten größere Pedigrees mit fehlenden Genotypen meist eine exaktere Schätzung als kleine, jedoch vollständig typisierte Pedigrees. Für die Rasse Fleckvieh konnten in dieser Arbeit zudem zwei QTL mit einer Wirkung auf die Zellzahl bestätigt werden. Die geschätzten Varianzanteile der beiden QTL an der additiv-genetischen Varianz lassen für die praktische Fleckviehzucht eine Erhöhung der Genauigkeiten für die Vorselektion von Jungbullen erwarten.
