Analysen zum Einfluss der Struktur der verbandsübergreifenden Lernstichprobe beim deutschen Warmblutpferd anhand verschiedener Kreuzvalidierungsansätze für das Merkmal Stockmaß

Die Genauigkeit der genomischen Zuchtwertschätzung hängt stark von der Größe und der genetischen Zusammensetzung der Lernstichprobe ab. Durch die Zusammenarbeit von fünf deutschen Zuchtverbänden konnte eine ausreichend große Referenzpopulation für das deutsche Warmblutpferd aufgestellt werden. Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit dem Einfluss der Struktur der verbandsübergreifenden Lernstichprobe auf die Genauigkeit der genomischen Vorhersage für das Merkmal Stockmaß. Für die Auswertung standen 2.895 Stuten mit Genotypinformationen für 60.801 Single Nucleotide Poly​morphisms (SNPs) zur Verfügung. Es wurde ein Two-Step Verfahren angewendet und drei verschiedene (Kreuzvalidierungs-) Ansätze wurden getestet und miteinander ver​glichen. Im ersten Kreuzvalidierungsansatz wurde eine klassische 5-fold Kreuzvalidierung mit zehn Wiederholungen an der gesamten Lernstichprobe durchgeführt. Da eine vorherige Analyse der genomischen Verwandtschaft Substrukturen aufzeigte, die die unter​schiedlichen Zuchtschwerpunkte der beteiligten Zuchtverbände widerspiegeln, wurde im zweiten Kreuzvalidierungsansatz die Lernstichprobe in die Zuchtausrichtungen ‚Springen‘ und ‚Dressur‘ unterteilt und die Vorhersagegenauigkeit innerhalb der beiden Teildatensätze untersucht. Im dritten Ansatz wurde die Vorhersagegenauigkeit geschätzt, wenn Pferde einer Zuchtausrichtung mithilfe der SNP-Effekte, die anhand von Pferden der anderen Zuchtausrichtung geschätzt wurden, vorhergesagt wurden. Die Korrelationen zwischen den konventionellen Zuchtwerten und den direkten genomischen Zuchtwerten lagen zwischen 0,63 und 0,71 im ersten Kreuzvalidierungsansatz, zwischen 0,60 und 0,69 im zweiten Kreuzvalidierungsansatz und zwischen 0,12 und 0,36 im dritten Ansatz. Die Ergebnisse zeigen, dass die Nutzung einer verbandsübergreifenden Referenzpopulation aktuell die beste Strategie für das deutsche Warmblutpferd ist. Außerdem konnte herausgearbeitet werden, dass ausreichend große verwandtschaftliche Beziehungen zwischen Kalibrierung und Validierung von elementarer Bedeutung sind und dass optimale Bedingungen hier verhältnismäßig kleine Stichprobenumfänge erheblich kompensieren können.