Untersuchungen zur Umweltsensitivität der Milchmerkmale bei Deutschen Holstein (Dissertation)

Über Genotyp-Umwelt-Interaktionen (GxE) wird häufig berichtet. Eine Möglichkeit diese zu berechnen sind Reaktionsnormmodelle. Die erste Ableitung der Reaktionsnorm ist die Umweltsensitivität (ES). In der vorliegenden Studie wurde eine genomweite Assoziationsanalyse durchgeführt, um SNPs zu finden, die Produktionsniveau (GP) und ES von Milchmerkmalen bei Deutschen Holstein beeinflussen. Bullenzuchtwerte für GP und ES wurden mit Hilfe von ca. 12 Millionen Töchterbeobachtungen mit einem linearen Reaktionsnormmodell berechnet. Die Töchter sind Nachkommen von 2297 Bullen. Die Bullen sind mit einem 54k Chip genotypisiert. Die Umwelt wurde zum einen als Milch​energieleistung der Herde und zum anderen als Herdenzellzahlgehalt zum Zeitpunkt der Beobachtung definiert. Die Bullenzuchtwerte wurden als Beobachtung in einer genomweiten Assoziationsanalyse mit 1797 Bullen genutzt. Signifikante SNPs wurden in einem unabhängigen Datensatz (500 Bullen der gleichen Population) bestätigt. Um reine Skaleneffekte von GxE-Effekten trennen zu können, wurden die Beobachtungen zusätzlich log-transformiert. Mit Hilfe der Reaktionsnormmodelle konnten GxE-Effekte gefunden werden. Zahlreiche SNPs konnten für GP und ES validiert werden, wobei viele SNPs sowohl GP als auch ES beeinflussen. Einige der validierten SNPs konnten bei beiden Umweltparametern validiert werden. Dies war vor allem bei ES der Fall, obwohl die beiden Umweltparameter nur schwach korreliert waren. Es konnte gezeigt werden, dass ES der Milchmerkmale ein typisches quantitatives Merkmal ist, das von vielen Genen mit kleinen Effekten und wenigen Genen mit großen Effekten beeinflusst wird. Die log-Transformierung der Daten hat die Anzahl der validierten SNPs reduziert.