Züchtungskunde, 89, (5) S. 333-344, 2017, ISSN 0044-5401
© Verlag Eugen Ulmer, Stuttgart
Scientific Articles
Genomische Zuchtwertschätzung von Rinderembryonen beim Fleckvieh
E.C.G. Pimentel1 ; H.-D. Reichenbach1 ; C. Edel1 ; R. Emmerling1 ; S. Jung2,3 ; R. Fries3 ; E. Wolf4 ; T. Grupp2 ; M. Reichenbach2 ; K.-U. Götz1 ; 1 Institut für Tierzucht, Bayerische Landesanstalt für Landwirtschaft (LfL), Prof.-Dürrwaechter-Platz 1, 85586 Poing-Grub, E-Mail: Eduardo.Pimentel@LfL.bayern.de ; 2 Bayern-Genetik GmbH, Senator-Gerauer-Straße 19, 85586 Poing-Grub ; 3 Lehrstuhl für Tierzucht, Technische Universität München, Liesel-Beckmann-Straße 1, 85354 Freising-Weihenstephan ; 4 Lehrstuhl für Molekulare Tierzucht und Biotechnologie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Hackerstraße 27, 85764 Oberschleißheim-Badersfeld
Ziel dieser Arbeit war es, die Qualität der SNP-Chip Typisierung bei Embryonen und der darauf basierenden Schätzwerte genomischer Zuchtwerte zu ermitteln. Hierzu wurden die Genotypen (Illumina Bovine SNP50 BeadChip) von 55 Embryo-Kalb Paaren der Rasse Fleckvieh untersucht. Call-Rates und Heterozygotiegrade wurden berechnet und genomische Zuchtwerte für 49 Merkmale geschätzt. Bei den Embryogenotypen mit niedrigen Call-Rates (z.B. unter 0,90) war auch die Übereinstimmung zum Genotyp des Kalbes an den tatsächlich vorliegenden ‚gecallten‘ Genotypen niedriger. Die durchschnittliche Proportion gleicher Genotypen bei Embryo und Kalb betrug 0,93 ± 0,03 bei den Embryonen mit Call-Rate < 0,90 und 0,99 ± 0,01 bei den Embryonen mit Call-Rate > 0,90. Die Korrelation zwischen dieser Proportion und der Call-Rate beim Embryo war 0,92. Die meisten Inkonsistenzen zwischen Embryo- und Kalbgenotypen waren auf falsche homozygote Embryonengenotypen zurückzuführen. Die Korrelation zwischen den genomischen Zuchtwerten der Embryonen und denen der entsprechenden Kälber lag je nach Merkmal zwischen 0,978 und 0,999 und betrug im Durchschnitt 0,989 ± 0,005. Auch bei dieser Übereinstimmung zwischen den geschätzten Zuchtwerten spielte die Call-Rate beim Embryo eine Rolle. Beim Ausschluss der Embryonen mit einer Call-Rate unter 0,9 war die durchschnittliche Korrelation 0,996 ± 0,002. Diese Ergebnisse zeigen, dass die genomische Zuchtwertschätzung von Embryonen erfolgreich durchgeführt werden kann. Für ein Routineverfahren scheint eine Call-Rate von 0,90 eine vernünftige Mindestqualitätsanforderung für Embryonengenotypen zu sein.
Allele drop-out; Call-Rate; Embryotransfer; SNP
Genomic evaluation of bovine embryos in Fleckvieh cattle
The study aimed at assessing the quality of SNP-Chip genotyping of embryos, and of the genomic breeding values predicted from them. Genotypes (Illumina Bovine SNP50 BeadChip) of 55 Fleckvieh embryo-calf pairs were used in this investigation. Call-rates and heterozygosity levels were calculated and genomic breeding values for 49 traits were predicted. For the embryo genotypes with low call-rates (e.g. below 0.90) also the genotypes that were successfully ‘called’ had a poor agreement with the genotypes of the corresponding calf. The average proportion of equal genotypes between embryo and calf was 0.93 ± 0.03 for embryos with call-rate < 0.90 and 0.99 ± 0.01 for the embryos with call-rate > 0.90. The correlation between this proportion and the call-rate of the embryo was 0.92. Most inconsistencies between the genotypes of embryos and calves were due to wrongly assigned homozygote genotypes of embryos. Correlations between genomic breeding values of embryos and of their corresponding calves ranged from 0.978 to 0.999 depending on the trait and averaged 0.989 ± 0.005. The concordance between predicted breeding values of embryos and calves was also influenced by the call-rate of the embryo. When the embryos with call-rate below 0.90 were excluded the average correlation was 0.996 ± 0.002. These results show that the genomic evaluation of embryos can be successfully done. For a routine implementation it seems reasonable to set an embryo call-rate of at least 0.90 as a threshold requirement for the quality of embryo genotypes.
allele drop-out; call-rate; embryo transfer; SNP