Züchtungskunde, 81, (1) S. 63-68, 2009, ISSN 0044-5401
© Verlag Eugen Ulmer, Stuttgart
Scientific Articles
Feinkartierung von QTL für Fleischqualitätsmerkmale auf dem porcinen Chromosom 1 (Masterarbeit)
Christine Große-Brinkhaus1 ; C. Phatsara1 ; E. Tholen1 ; K. Schellander1 ; Elisabeth Jonas1 ; 1 Institut für Tierwissenschaften, Abteilung Tierzucht, Tierhaltung und Haustiergenetik, Rheinische-Friedrich-Wilhelms Universität Bonn, Endenicher Allee 15, 53115 Bonn, E-Mail: cgro@itw.uni-bonn.de
Ziel dieser Arbeit war es, die Region für die von Liu et al. (2007) detektierten QTL für den Merkmalskomplex pH-Wert nach der Schlachtung weiter einzugrenzen. Dazu wurde eine feinere Kartierung auf dem porcinen Chromosom 1 in einer Duroc × Pietrain Ressourcen-Population durchgeführt.
Für die Analyse wurden zu den zwölf bereits analysierten Markern sechs zusätzliche Mikrosatelliten für die spezifische Region auf dem Chromosom auf Grundlage der Onlinedatenbank USDA-Marc ausgewählt. Zur Vergleichbarkeit der Ergebnisse wurden die Berechnungen analog zu der Studie von Liu et al. (2007) durchgeführt. Dazu wurden mit dem Softwarepaket SAS (Version 9.1) die phänotypischen Einflussfaktoren ermittelt, mit CriMap die Kopplungskarten erstellt und mit QTL-Express die QTL für die Merkmale pH-Wert 45 min und 24 h nach Schlachtung im Kotelett sowie 24 h nach der Schlachtung im Schinken berechnet. Die geschlechtsneutrale Kopplungskarte war 203,2 cM lang. Die Ergebnisse von Liu et al. (2007) konnten im Rahmen dieser Arbeit konkretisiert werden; die Regionen wurden um etwa ein Drittel eingegrenzt.
Auf Grund von Analogien zwischen Mensch und Schwein konnten verschiedene positionelle und funktionelle Kandidatengene in den QTL Regionen identifiziert werden.
Schweine; Fleischqualität; pH-Wert; Quantitative Trait Loci; Kandidatengen; Feinkartierung
Finemapping of QTL for meat quality traits on porcine chromosome 1
The aim of this study was to reline the interval of the detected QTL on porcine chromosome 1 for meat quality traits from Liu et al. (2007). For this purpose fine mapping was used to decrease the marker interval in the porcine chromosome 1 in a Duroc Pietrain resource population.
For this approach six additional microsatellites, which were selected based in the specific region on the chromosome from the online database USDA-Marc, were added to the twelve previous used markers. To achieve comparability of the results, all calculations were performed in analogy to the study from Liu et al. (2007). Using the software package SAS (version 9.1) influencing factors were calculated, CriMap was used to build the linkage map and QTL-express to calculate the QTL for pH-value 45 min and 24 h after slaughtering in loin as well as 24 h in ham. The sex average linkage map was 203,2 cM. Within this study the marker interval was decreased roundabout one third.
Based on the analogies between human and pig, different candidate genes within the specific QTL region were identified.
Pigs; meat quality; pH-Value; quantitative trait loci; candidate gene; fine mapping