Züchtungskunde, 86, (1) S. 25-41, 2014, ISSN 0044-5401
© Verlag Eugen Ulmer, Stuttgart
Scientific Articles
Biodiversität beim Huhn – Potenziale für die Praxis
S. Weigend1 ; Ulrike Janßen-Tapken1 ; Malena Erbe2 ; Ulrike Ober2 ; Annett Weigend1 ; R. Preisinger3 ; H. Simianer2 ; 1 Institut für Nutztiergenetik, Friedrich-Loeffler-Institut, 31535 Neustadt-Mariensee, Höltystrasse 10; steffen.weigend@fli.bund.de; Ulrike.janssen-tapken@fli.bund.de; annettweigend@fli.bund.de ; 2 Abteilung Tierzucht und Haustiergenetik, Department für Nutztierwissenschaften, Georg-August-Universität, 37075 Göttingen, Albrecht-Thaer-Weg 3; merbe@gwdg.de; uober@math.uni-goettingen.de; hsimian@gwdg.de ; 3 Lohmann Tierzucht GmbH, Am Seedeich 9–11, 27472 Cuxhaven preisinger@ltz.de
Im Rahmen des Synbreed Projektes wurden zahlreiche Hühnerrassen phänotypisch charakterisiert, die sowohl kategoriale Merkmale als auch Körpermaße einschlossen. Dieses „Synbreed Chicken Biodiversity Panel“ (SCBP) umfasst mehr als 2.400 Tiere aus 111 verschiedenen Rassen und Farbschlägen unterschiedlicher geographischer Herkunft, darunter zwei Wildhuhnpopulationen und kommerzielle Zuchtlinien. In dieser Studie waren Daten von 1.967 Individuen verfügbar, die an mehr als 445.000 SNP-Loci mit dem Affymetrix 600k Axiom Hühner SNP-Array typisiert wurden. Genomweite Assoziationsanalysen identifizierten präzise genomische Regionen bekannter Mutationen für die Merkmale gelbe Hautfarbe und Rosenkamm. Darüber hinaus wurden Cluster-Analysen mit 89 Populationen mit einem Subset autosomaler SNPs durchgeführt, die in Wildpopulationen polymorph waren, um die Beziehung zwischen den Rassen zu visualisieren. Die Ergebnisse zeigten, dass die meisten Rassen gemeinsame Cluster entsprechend der angenommenen phylogenetischen Verwandtschaft bildeten. Das SCBP stellt eine wertvolle Ressource für hochauflösende Analysen der genetischen Vielfalt und der genomischen Kartierung phänotypischer Variabilität dar.
Genetische Diversität; Assoziationsanalyse; SNPs; Huhn
Potentials of biodiversity in chickens
Within the framework of the Synbreed project, a large panel of chicken breeds were phenotypically characterized encompassing both categorical traits and body measurements. This “Synbreed Chicken Biodiversity Panel (SCBP)" comprises more than 2400 individuals from 111 diverse breeds and colour variants of various geographical origins including two wild jungle fowl populations and commercial purebred lines. In this study, data of 1967 individuals genotyped at more than 445’000 SNP loci using the Affymetrix 600k Axiom chicken SNP Array were available. Genome wide association analyses clearly detected genomic regions of known mutations for yellow skin colour and rose-comb, respectively. In addition, a cluster analysis with a subset of 89 populations using an extract of autosomal SNPs variable in the wild ancestor Red Jungle Fowl was conducted to visualize the relationship between breeds. Results showed that the majority of breeds formed clusters according to their supposed relationships. The SCBP represents a valuable resource for high resolution analysis of genetic diversity and mapping of genomic regions underlying phenotypic variability.
Diversity; association analysis; SNPs; chickens